Topografía
El municipio cuenta con muy pocas zonas planas, éstas se localizan principalmente en la margen derecha del río Ameca y por la costa desde su desembocadura hasta la del río Cuale hacia el sur. La mayor parte de la superficie está ocupada por zonas accidentadas, al oriente las sierras de San Sebastián y de Cuale, que forman parte de la Sierra Madre Occidental, lo protegen de los vientos y sirven como moderadores del clima. La Sierra de Cuale llega hasta la costa formando imponentes acantilados empezando al sur de la cabecera municipal y continúa al sur hasta formar el Cabo Corrientes. Las principales alturas son: el Picacho de Palo María de 1600 metros, el Cerro de la Aguacatera, de 1500, y la Torrecilla, de 1250 metros sobre el nivel del mar.

Hidrografía
El municipio está regado al norte por los ríos Ameca que sirve de límite entre los estados de Jalisco y Nayarit, el Mascota que descarga sus aguas en el anterior cerca del poblado de Las Juntas, El Pitillal, La Vena de Santa María y El Cuale, que cruza la ciudad. Al sur se encuentra los arroyos de Las Amapas, Las Estacas, El Carrizo, Palo María, Mismaloya, Los Horcones y el de Quimixto. Al norte de la ciudad se encuentra el estero de El Salado. santiago de pino,copales,el rancho el carrizo,san felipe de hijar,amatanejo,. los charcos,la casa colorada,la tierra blanca,la cofradia,el rio ameca. la estancia,la tortuga.

Vegetación
La flora es muy variada; hay árbol de chilte, maderas duras como tampicirán y brasil y maderas como: amapa, primavera, parota, cedro y nogal apropiadas para la fabricación de muebles. En la franja costera proliferan las palmeras y otros frutales como el mango, guanábano y aguacate. Una de las especies que más ha sufrido por el crecimiento urbano es la palmera de coquito de aceite que crece en una zona muy restringida y debería estar protegida.

Fauna
La fauna está representada por venados, tigrillos, iguanas y aves como: pericos, guacamayas y palomas. Otras aves como el zopilote, la chachalaca y los patos se han ido retirando del área poco a poco. La fauna marina es también abundante y variada; se pesca la sierra, el dorado, pez vela, pargo, huachinango, garlopa y bonita, y en el estero de El Salado, viven caimanes en peligro de extinción. En los últimos meses se encontraron también nutrias en el río Cuale, rompiendo así el mito de su existencia en el pasado.